福建船政交通职业学院的王牌专业有：航海技术、安全技术与管理、汽车检测与维修技术、道路桥梁工程技术、轮机工程技术、机电一体化技术、物流管理、计算机应用技术和报关与国际货运等。这些专业都是该学院的优势专业，可以算得上是比较好的一些专业了。