云南中医药大学有呈贡、白塔两个校区，占地面积871.36亩。

云南中医药大学呈贡校区于2008年9月10日正式启用，占地面积823.8亩，东西最长处约400米，南北长约1400米。

云南中医药大学呈贡校区坐落于云南省昆明市呈贡大学城，被云南省城乡和住房建设厅评为云南省最具艺术特色建筑群美称的昆明唯一高校。是全国第二批成立的高等中医药本科院校，为云南省唯一一所中医药本科院校。学校设有11个二级学院及2个教学部。