在日语中，一般用“いますか”来表示存在与否，可以用于询问人或物的存在情况。在不在和有没有可以用相同的日语表达方式，“いますか”。

可以根据问题的具体上下文来判断对方是在问“在不在”还是“有没有”。例如，如果问题中涉及到某个地点，那么很可能是在问“在不在”，而如果问题中涉及到某个物品或状态，那么很可能是在问“有没有”。

在你的例子中，如果你想询问对方是否有女朋友，可以说“彼女はいますか？”；如果你想询问对方女朋友是否在场，可以说“彼女はいますか？”并根据上下文来说明你是在问“在不在”还是“有没有”。