上海市奉贤区国家税务局的机构设置全面而细致，各科室分工明确，相互协作，共同促进税收工作的高效运行。

办公室（政策法规科）主要负责机关日常事务的处理、协调与督办，包括起草和审核文件、组织重要会议、管理政务信息、新闻信息和对外联络工作等。同时，该科室还负责提出加强税收管理的政策建议，并监督本单位行政执法，负责行政复议、听证、行政诉讼工作。

人事教育科负责研究和执行人事管理制度，包括干部队伍建设、人事管理工作等。此外，还负责因私出国政审工作、离退休干部管理和服务工作、宣传教育和精神文明建设及文明创建活动的实施、表彰奖励工作、各类人员的继续教育、业务培训和岗位培训，以及安全保卫工作。

监察科负责纪律检查和行政监察工作，受理违法违纪行为的举报和控告，并按有关规定进行查处和上报。该科室还负责党风廉政建设、抓行风建设，按照市局"两权"监督实施办法的要求，负责"两权"监督日常工作的组织协调。同时，还负责党建工作和工会、共青团工作。

计划统计科负责汇总分析财政、税收会计、统计信息数据，编制、预测和分配税收计划，提供市财政结算所需的有关数据。此外，还负责执行税收计划和会计、统计制度，管理税收票证，并监督检查税收入库情况和制度执行情况。同时，还负责经济税源重点税源和税收负担变化情况的调查、分析、监控和管理，提出组织收入的措施和建议。

信息技术科负责分局信息化建设、计算机应用的计划、管理和协调工作，对计算机推广应用项目的组织实施及有关情况的总结、上报工作进行监督。此外，还负责计算机系统运行管理制度的执行情况的监督检查、计算机设备配置及计算机应用人员的计算机技术培训和操作培训，以及计算机信息系统的维护管理，确保系统安全运行。

税政科（出口退税管理科）负责贯彻和执行国家的税收法律法规和本市的具体税收政策，包括流转税、内外资企业所得税、个人所得税和市局地方税处相关税种的征收管理和税收业务。此外，还负责处理在执行税法和税收政策中有关事宜，以及出口退税管理工作。

征收管理科负责贯彻执行国家的税收征管法律法规，组织税务登记和纳税申报，组织税收征管工作，负责征管情况报表的汇总、分析和上报，以及发票管理工作。同时，还负责破产、撤销企业核销死欠税款的确认申办。

稽查科负责贯彻执行国家的税收征管法律法规，组织税收稽查工作，负责税收稽查情况的汇总、分析和上报。