资兴市水利局内设机构包括办公室、政工股、计划财务股和水政监察大队，分别负责不同领域的管理工作。

办公室主要负责协助局领导组织机关日常工作，包括督办和检查局里重要决策和工作部署，承办会务、文秘、政策调研、政务信息、建议提案、保密、文书档案、水利宣传、信访、接待等工作，同时负责局机关后勤管理、安全保卫，以及机关三个文明建设。

政工股负责局机关及局属单位的机构编制、人事和劳动工资、保险福利等工作，组织实施国家公务员制度、专业技术人员职务评聘和工人技术等级考核，指导水利行业职工培训，负责干部工人的奖惩、劳动保护等工作，指导水利队伍建设，负责局机关中心学习小组和干部职工的学习、教育，以及先进典型材料组织申报、推介、考核，负责离退休人员管理，配合工会开展日常工作。

计划财务股指导水利行业的财务、会计管理辅导及检查，做好资金预决算，对水利资金的使用进行宏观调节，监管水利系统的国有资产，负责对水利行业各种规费项目和标准进行核定、申报、收缴和监督管理，负责机关财务管理，对下属单位的财务进行管理。

水政监察大队负责宣传、贯彻、实施水法律法规，负责水资源统一管理和保护，开展水政监察和水行政执法，查处水事案件，组织、拟定全市和跨地区的水中长期供求计划、水量分配方案，履行全市河道管理以及水质监察等职能，负责水行政各项规费的征缴，完成防洪保安基金征集任务。