温州医科大学好。

1、温州医科大学比南通大学好，拥有很强大的教学科研体系，温州医科大学的眼视光医学专业全国排名第一，具体实力强于985大学。温州医科大学在全科医生培养领域也有很多创新，提出了“国标省统、县管乡用”的全科医生培养与使用的“温医大模式”。

2、南通大学学校硬件设施不太好南通大学始建于1912年，建校已经有一个多世纪，因此学校老校区的硬件设施总体偏旧，条件差。