应该是线粒体内膜和叶绿体类囊体薄膜上有ATP合成酶。解析：线粒体内膜是有氧呼吸第三阶段的场所，产生大量ATP。叶绿体类囊体薄膜是光合作用光反应阶段的场所，光反应会产生ATP。所以这两个场所都有ATP合成酶。