玉溪食品药品监督管理局的主要职能包括组织贯彻国家和省有关食品、保健品、化妆品安全管理方面的法律法规，制定并监督实施食品、保健品、化妆品安全管理的规章和综合监督措施办法。此外，该局还负责食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督职能，组织协调有关部门承担的食品、保健品、化妆品安全监督工作。该局依法组织协调重大食品、保健品、化妆品安全事故的调查处理工作，并根据市政府或省食品药品监督管理局授权，组织协调开展食品、保健品、化妆品安全专项执法活动。同时，该局还综合协调食品、保健品、化妆品安全的检测和评价工作，并会同有关部门制定食品、保健品、化妆品安全监管信息的分析、预测及发布办法，定期向社会发布相关信息。

在药品监督管理方面，该局贯彻国家药品监督管理法律法规并监督实施，依法对药品、医疗器械的科研、生产、流通、使用单位进行监督管理，并领导全市食品药品监督管理机构。该局负责药品零售企业的审批，依法核发药品零售企业《药品经营许可证》，承办省局在新药评审、药品和医疗器械生产、经营许可证及医疗单位制剂许可证核发中的相关工作。该局还监督实施药品生产质量管理规范、药品经营质量管理规范等，监督检定、抽验药品和医疗器械生产、经营、使用单位的药品和医疗器械质量，发布药品、医疗器械质量公报，审核药品、保健品、医疗器械广告等。

在执业药师管理、职称晋升工作、系统机构编制和干部管理方面，该局负责执业药师（含执业中药师）的管理工作，组织实施全市药品生产经营企业和市食品药品检验所的药学专业技术人员职称晋升工作。同时，该局还负责本系统机构编制和干部管理，对本系统的财务经费实行统一管理。在医药行业宏观管理方面，该局协助有关部门实施全市医药行业宏观管理工作，配合有关部门贯彻实施国家和省、市医药产业政策。

最后，完成省局和市委、市政府安排的其他工作也是该局的重要职能之一。通过上述职能的履行，玉溪食品药品监督管理局在食品、保健品、化妆品和药品等领域的安全管理、监督和管理上发挥着重要作用。