平顶山市水利局的组织结构包含八个主要的内设科室，它们各司其职，确保水利工作的高效运行。

第一个是办公室（机关党委），主要负责机关日常的行政事务，如文电处理、会务组织、档案管理，以及党务工作、信息宣传、保密、保卫和政务公开等。

第二个科室是规划计划科，负责全市水利的长远规划和项目管理工作。这包括编制各种规划，审查大型项目的立项报告，以及制定水供求计划。此外，他们还负责移民规划和后期扶持工作，以及水利科技研究和推广。

水政水资源科（行政审批服务科）是决策和监管的核心，制定水利法制建设规划，负责水政监察、执法和纠纷处理，同时管理水资源的取用和保护，包括水资源调查、评价、分配以及非传统水资源开发等工作。

财务科则负责部门的预算管理和财务管理，指导水利资金监管，提出税收、信贷、财务和价格建议。

人事劳动科负责人事管理和机构编制，以及水利行业职工队伍的建设与培训。

建设与管理科（安全监督科）监督水利工程建设，确保质量和市场管理，同时负责水利工程的安全监管。

水土保持科负责全市水土流失的防治工作，制定并监督实施相关规划，进行水土流失监测和预防。

农村水利科主要负责农田水利基础设施建设和管理，包括大中型灌溉工程、农村饮水安全和节水灌溉等。

最后，离退休干部工作科则负责机关及下属单位的离退休干部管理工作。