当企业发现库存现金短款时，应首先进行账务处理，具体为：借记“待处理财产损益”账户200元，贷记“库存现金”账户200元。这一步骤表明库存现金出现了短缺，需要进一步查明原因。在查明原因后，应根据具体情况做进一步处理。

如果短缺是由出纳人员的责任造成的，那么应进一步借记“其他应收款”账户200元，贷记“待处理财产损益”账户200元。这样可以确认出纳人员应承担的责任，并准备进行追讨。

若短缺是由于自然灾害等非人为因素造成的，企业则需要借记“营业外支出”账户200元，贷记“待处理财产损益”账户200元。这一步骤表明企业需要将这部分损失计入营业外支出，作为不可预见的损失处理。

值得注意的是，以上处理方式都需要经过领导的批准，以确保处理的合法性和合理性。在处理过程中，应详细记录每一步操作，以便于后续的审计和追溯。

此外，对于库存现金短款问题，企业应加强内部管理，定期进行现金盘点，确保账实相符。同时，应加强对出纳人员的培训和监管，预防类似问题的发生。