海南食品药品技工学校提供丰富多样的专业选择，旨在培养专业技能人才。其中，药物制剂技术、食品营养与检测、药品经营与管理、药物分析技术、中药学、药学、医疗器械维护与管理、生物制药技术、化学制药技术、药剂设备制造与维护等专业均受到高度评价。

药物制剂技术专业在2016年被评为首批健康服务类示范专业，展现其在该领域内的突出地位。此外，药品经营与管理专业在2015年被列为专本贯通分段培养专业，与山东中医药大学衔接，提供本科学历教育机会。

2010年，药物制剂技术专业成为省级特色专业，随后食品营养与检测、药物分析技术、中药学等专业相继在2011、2012、2013年入选，展现出学校在不同专业领域的卓越成就。

2016年，中药学现代学徒制与药物制剂技术现代学徒制项目启动，标志着学校在实践教学上的创新与深化。2019年，学校被评为省特色高水平专业群：药品服务类专业群，进一步巩固了在药品服务领域的领先地位。

此外，中药学、药学、药品经营与管理、医疗器械维护与管理等专业在2019年被评定为国家级骨干专业，彰显了学校在培养高端专业人才方面的杰出贡献。