根据上述职责，长兴县地方税务局设立了10个职能科室，包括办公室（科研科与其合署）、人事教育科、政策法规科、监察科等综合科室和税政管理科（涉外税收管理科与其合署）、规费管理局、征收管理科（行政许可科与其合署）、计划财务科、纳税服务科、信息化管理科等业务科室。

办公室（科研科与其合署）负责处理日常行政事务，包括文电、机要、会务、档案、财务、后勤等，并承担综合性文稿起草、政策研究、信息、对外宣传、信访、督查、文电处理、文秘档案、保密保卫、政务信息公开、报刊征订、全局性会议组织、系统基建、全局资产财务管理和后勤服务保障工作。此外，还负责组织协调税收改革和发展重大问题的研究工作、落实县对本局目标责任制考核、组织办理人大代表建议和政协委员提案、开展全县税收调研工作等。

人事教育科负责全县地税系统的机构、编制和人员事务工作，包括教育培训、精神文明建设、财税文化建设、思想政治工作、离退休人员管理服务等。

政策法规科负责地方税收法制工作、行政执法责任制相关工作、地方税收法规宣传教育、全局普法工作、地方税收政策性文件审核、会签和备案工作、依法行政和执行地方税收法律、法规的监督检查、税务行政应诉、行政复议案件和投诉工作、税收大案要案审理和行政处罚工作、税务案审委员会日常工作等。

监察科负责监督检查地税系统执行国家法律、法规和有关政策制度的情况、办理违法违纪行为的来信来访、违法、违纪案件查处、党风廉政建设、财务审计、工作人员离岗审计工作等。

税政管理科负责全县各类税收政策管理和指导、税种调查研究、征管办法制定和实施、城镇集体企业、私营企业和个体工商户财务制度监督管理、纳税评估、税源管理、汇算清缴等办法、日常管理、日常检查、纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作、税收协定的贯彻执行、反避税、情报交换、国际税收合作等。

规费管理局负责全县各项规费和基金、工会经费、残疾人就业保障金代征的征收管理、政策研究、征管办法制定和实施、日常评估、日常管理、日常检查、政策辅导、咨询服务、法律救济、数据采集、分析、应用、数据库信息管理等。

征收管理科负责综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件的落实、操作办法研究、征管规程深化、全县地方税征管改革实施、税收征管数据管理和应用、税收收入征管因素分析、税务登记、纳税申报、普通发票管理、税控器具推广应用、个体和集贸市场税收征管、注册税务师管理、税务代理行为规范、行政许可事项和非行政许可事项的政务公开、行政许可事项的受理、审查、审批等。

计划财务科负责地方税收、基金（费）收入计划制定、下达、入库工作、重点税源调查、分析、监控、全国税收调查、税收会计、统计信息数据汇总、报表编制、审核、税收计划、会计、统计、票证具体规定制定、计划完成情况执行、分析、税收会计核算、税费退库审核办理、统计分析、税收资金管理监督、财务管理制度执行情况监督、税务经费收支管理、税收票证管理等。

纳税服务科负责组织、协调和指导全县地税系统各部门、各税种、各环节的纳税服务工作、纳税服务工作规范和操作规程制定、纳税辅导、咨询服务、税收法律救济（除税务行政复议、应诉以外）、投诉受理、税收争议调解、纳税服务平台制度建设和管理、税收信用体系建设、面向纳税人的税法宣传等。

信息化管理科负责地税信息化工作总体规划、实施、制度建设、监督、检查、信息化建设项目立项、业务需求管理、社会、经济和税收信息数据采集、分析、应用、数据库信息管理、地税信息化建设相关需求、技术方案论证等。