中国人民政治协商会议北京市委员会的组织架构是按照政协章程设定的。常务委员会作为核心机构，由主席、副主席、秘书长和常务委员组成。这些成员由各民主党派、社会组织、各民族以及各界代表人士协商提名，通过全体会议的选举产生。每届委员会的组成、委员数量和人选，由上一届常务委员会在协商后决定，每届任期为五年。

北京市政协办公厅作为其日常工作机构，受秘书长领导，负责执行各项任务。为更好地履行职责，设立了多个专门委员会，包括提案委员会、学习委员会、文史资料委员会等，共计9个。这些专门委员会在常务委员会和主席会议的指导下开展工作，每个委员会设主任、副主任和委员若干，下设办公室作为具体执行部门。此外，政协还设有人事室、联络室、研究室等其他功能性机构，以支持委员会的全面运作。