物流会计在核算运输收入时，首先需要记录银行存款的增加，即借记“银行存款”，同时贷记“主营业务收入——运输收入”，并记录应交税费，贷记“应交税费——应交增值税（销项税额）”。这一过程确保了运输收入的真实性和合法性。

接下来，物流会计需要结转运输成本，以反映实际发生的费用。具体操作为借记“主营业务成本”，贷记“应付职工薪酬”，银行存款等科目。这些费用可能包括支付给员工的工资、租车费用或油费等。通过这样的操作，物流会计可以准确地反映企业的成本支出，从而帮助管理层做出更合理的决策。

物流会计在进行运输收入核算时，应当明确区分主营业务收入和主营业务成本。主营业务收入是指企业通过从事物流活动所获得的收入，如运输收入。而主营业务成本则是企业在提供运输服务过程中所发生的直接费用，如人工费用、运输工具的维护费用等。准确地核算这两项，对于评估企业的盈利能力至关重要。

物流会计在结转运输成本时，需要注意费用的归集和分配。例如，运输过程中产生的油费应计入运输成本；而员工的工资则通过“应付职工薪酬”科目进行记录。这样，物流会计可以确保所有费用都被准确、完整地记录，从而提高财务报表的准确性和透明度。

此外，物流会计还需要定期检查和调整会计科目，以确保所有费用都被正确地归集和分配。这包括定期审查运输成本，确保没有遗漏或重复记录的费用。通过这样的管理，物流会计可以确保企业的财务状况得到准确的反映，为企业的经营决策提供有力支持。