结构不同，性质不同。

1、结构不同：氯丙嗪的分子式为C6H7ClN2，其化学结构由六碳原子、四氢原子和一氯原子组成，而氯普噻吨的分子式为C18H18ClNS，其结构中包含更多的碳原子和氢原子，同时具有一个硫原子和氯原子。

2、性质不同：氯丙嗪的化学性质稳定，但在酸、碱溶液中容易水解。而氯普噻吨的化学性质相对不稳定，在别的条件下不会发生反应。