东南大学设有多处校区，每个校区都有其独特的特色和功能，分别位于南京的玄武区、鼓楼区和江宁经济技术开发区南部。四牌楼校区，坐落在南京中心的玄武区，占地面积641亩，拥有61.85万平方米的建筑，主要承担研究生教育、本科生高年级教育、继续教育（除医学学科外）和科学技术研究工作。其校区环境优美，东枕钟山，北临玄武湖，绿树成荫，风景秀丽。丁家桥校区位于鼓楼区，占地176亩，已建各类建筑26万平方米，主要服务于医学学科的教育和科研工作，并且是东南大学附属中大医院的所在地。九龙湖校区，位于江宁经济技术开发区南部，总面积3752.35亩，从2006年夏季开始，东南大学的主教学区迁至该校区。九龙湖校区的建筑规划以东南大学的历史文脉为依据，采取公共核心教学组团与专业教学族群组团相结合的校园建筑形态。该校区已建成教学区、科研实验区、行政区、本科生生活区、研究生生活区、教师生活区、后勤保卫区等，总建筑面积约59.9万平方米。