医院感染的主要病原体包括细菌、真菌、病毒、支原体等。近年来革兰阴性菌引起的感染越来越多，同时多重耐药菌和真菌引起的感染也在不断增加。其主要特点有： ①以机会致病菌为主，如大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、肠球菌、克雷伯菌属、白假丝酵母菌等。

②多重耐药菌呈上升趋势。③主要侵犯免疫力低下的患者。 ④医院感染病原体随时间在变迁，如随着抗菌药物应用可发生真菌二重感染。随着免疫功能缺损的进展而发生病原体改变。⑤一种病原体可引起多部位感染，或一个部位有多种病原体感染（复数菌感染或混合感染）。

值得注意的是同一时间、同一部位的混合感染并非少见。