1949年11月，福建省人民政府接手福建省立医学院，将其更名至福建医学院，课程设置为5年制。

1951年，除原有的医学本科专业外，新增了3年制的医学专科课程，并附设中级卫生教育师资专修班。

福建医学院的前身是福建省立医学专科学校。1937年6月于福州市成立，同年10月，福建省立医院并入该校作为附属机构。同年8月，学院迁至闽北沙县，正式更名为福建省立医学院，课程为6年制，毕业学生授予医学士学位。

1996年4月，经国家教委批准，学院名称更改为福建医科大学。