办理自考学历证明申请流程如下：

第一步：在考试院自学考试系统中提交毕业申请。

第二步：自考办进行初步审核，审核通过表示符合毕业条件。

第三步：登录系统查看审核结果，审核通过后，携带身份证与准考证前往自考办领取毕业生登记表。

第四步：填写毕业生登记表并由单位盖章确认。

第五步：准备毕业所需材料，一般包括身份证复印件、照片、专科毕业证以及免考材料。

第六步：将所有材料带至自考办，提交并完成办理毕业手续。

第七步：一个半月后，领取毕业证书。