东莞市虎门第三中学的校园布局分为三个区域，分别是教学区、运动区和生活区。南区是教学的核心地带，由三座五层高的教学楼组成，彼此相连，形成了紧密的教学空间。其中，行政楼位于北面，两座教学楼则分布在中、南两侧，共设有60多个教室。在生活区，设有能容纳2000多名学生的食堂，以及一座七层的宿舍楼，可容纳800多人，此外，还有三座为教工准备的宿舍楼。

镇委和镇政府对学校的教学设施投入了大量资金，约1500多万元。教学区配备了现代化的教学设备，包括三个可容纳268人的多媒体综合电教室、五个64座的电脑室、一个电子阅览室以及80个多媒体教学平台。教师们拥有190台办公电脑，校园内设有先进的广播系统，每个教室都配备了电视机、投影仪和录音机等教学设备。此外，学校还设有实验室、地理园和生物园等，为学生提供丰富的实践学习环境。

在教学楼之间，有四个绿色的休闲区域，供学生课余活动，设有乒乓球台，营造出宜人的校园环境。园林式的绿化设计，高矮错落的树木、四季常青的草坪、鸟语花香，使得校园内充满生机。书声、钟声和歌声交织在一起，形成了独特的校园氛围，为学生们的学习生活增添了韵律和活力。