吉林大学目前的院系设置是几个大的学部，每个学部下包含若干个学院，具体名单如下：

学部　院系

社会科学学部经济学院法学院行政学院商学院金融学院马克思主义学院公共外交学院

人文学部哲学社会学院文学院外国语学院艺术学院体育学院公共外语教育学院　

理学部数学学院物理学院化学学院生命科学学院　　　

工学部机械科学与工程学院汽车工程学院材料科学与工程学院交通学院生物与农业工程学院管理学院　

信息科学学部电子科学与工程学院通信工程学院计算机科学与技术学院软件学院　　　

地球科学学部地球科学学院地球探测科学与技术学院建设工程学院环境与资源学院仪器科学与电气工程学院　　

农学部动物医学学院植物科学学院军需科技学院　　　　

白求恩医学部基础医学院公共卫生学院药学院护理学院临床医学院　　

公共教学部应用技术学院工商管理学院珠海学院东荣学院莱姆顿学院