福州大学于2005年开始以筹建形式成立研究生院。目前在校各类研究生已达到8400多人，是福建省唯一的全国专业学位研究生教育综合改革试点高校和全国工程硕士研究生教育创新院校。2012年12月福州大学研究生院的正式成立，将为推动福州大学创业型东南强校建设，在更高起点上推进学位与研究生教育搭建更广阔的平台。

学校现有18个学院和单位培养研究生：数学与计算机科学学院、物理与信息学院、化学化工学院、土木工程学院、紫金矿业学院，机械工程及自动化学院、材料科学与工程学院、生物科学与工程学院、电气工程与自动化学院、环境与资源学院、管理学院、法学院、人文社会科学学院、公共管理学院、外国语学院、软件学院、厦门工艺美术学院、图书馆。全校现有1个化肥催化剂国家工程研究中心，1个教育部工程研究中心，1个省部共建国家重点实验室培育基地，3个省部共建教育部重点实验室。