南通最好的专科学校是南通职业大学。

理由如下：

一、学术声誉与综合实力

南通职业大学在南通地区的专科学校中具有较高的学术声誉和综合实力。该校的专业设置与市场需求紧密结合，注重培养学生的实际操作能力，为社会培养了大量的高素质技能型人才。

二、专业特色鲜明

南通职业大学的专业设置涵盖了多个领域，如工程、商贸、医药、艺术等。其中一些专业如机电一体化技术、汽车技术服务与营销等在当地乃至全国都有一定的知名度和影响力。学校注重实践教学，通过校企合作、实习实训等方式，使学生能够将理论知识与实践技能相结合，提高就业竞争力。

三、就业前景广阔

学校毕业生就业率持续较高，得到了用人单位的广泛认可。许多毕业生在南通地区的企业中担任重要职务，为地方经济发展做出了积极贡献。此外，学校还积极开展创业教育活动，鼓励学生自主创业，培养学生的创新意识和创业能力。

四、校园文化丰富多样

学校注重校园文化建设，开展丰富多彩的文体活动，为学生提供了展示自我、锻炼能力的平台。同时，学校还注重培养学生的国际视野，开展国际交流与合作项目，为学生提供了更多的国际交流机会。

综上所述，南通职业大学在南通地区的专科学校中具有较高的声誉和综合实力，拥有鲜明的专业特色、广阔的就业前景以及丰富多样的校园文化。因此，可以认为南通职业大学是南通地区的一所好专科学校。