南通的大学中，南通大学排名第一，这是一所江苏省人民政府和交通运输部共建的综合性大学。它也是江苏高水平大学建设高峰计划建设B类高校，参与了国家“卓越医生教育培养计划”和“卓越教师培养计划”。南通大学在教育部本科教学工作水平评估中被评为优秀，是全国首批硕士和学士学位授予单位及博士学位授予单位之一。学校还被认定为全国普通高等学校毕业生就业工作先进集体，全国高等学校创业教育研究与实践先进单位，以及国家级大学生创新创业训练计划实施高校和江苏省首批创新创业示范高校。

南通大学的历史可以追溯到1912年，当时创办了私立南通医学专门学校和私立南通纺织专门学校。2004年5月，南通医学院、南通工学院和南通师范学院三所省属公办本科院校合并，组建成新的南通大学。

南通理工学院位列第二，这是一所经国家教育部批准建立的全日制普通本科高校。学校前身是紫琅职业技术学院，创办于2000年。2014年5月，紫琅职业技术学院升格为本科院校南通理工学院。

南通大学杏林学院位列第三，它是一所经国家教育部批准设置的独立学院。学院位于风景如画的江苏省南通市，这里被誉为“江海门户”，也是著名的教育之乡。学院围绕社会经济发展需求，培养各类应用型人才，开设了48个专业，涵盖经济学、文学、理学、工学、医学、管理学和艺术学等七个学科门类。