甲方管理施工单位的有效方式如下：

一、制定明确的管理制度和规范

甲方应该建立一套完整的管理制度，包括项目管理规定、安全管理规定、质量管理规定等。这些规定应当明确施工单位需要遵守的行为准则，以便统一要求和规范施工单位的行为。制度应强调安全生产的重要性，并明确施工现场的管理标准和流程。

二、强化现场监管和协调沟通

甲方应加强现场监管力度，确保施工单位按照制定的规定和标准进行施工。对于施工过程中的问题和困难，甲方应积极与施工单位进行沟通，寻求解决方案，并予以协助解决。此外，双方还应定期召开项目管理会议，共同讨论施工进度、质量和安全等问题，确保项目的顺利进行。

三、实施质量管理和验收制度

甲方应建立严格的质量管理和验收制度，对施工过程的质量进行控制，确保工程质量和施工标准符合规定。在项目验收阶段，甲方要对工程进行全面的检查和评估，对于不符合要求的工程部分，应要求施工单位进行整改或返工。同时，甲方还应保留对工程质量进行追溯的权利，确保工程质量长期可靠。

四、注重施工安全管理

安全是施工过程中的首要问题。甲方应制定严格的安全管理制度，监督施工单位的安全生产工作。对于施工现场的安全隐患，甲方应及时提出整改要求，并跟踪整改情况。同时，甲方还应加强对施工人员的安全教育和培训，提高施工人员的安全意识，确保施工过程的安全可控。

通过以上四个方面的管理，甲方可以有效地对施工单位进行管理，确保项目的顺利进行和质量安全可控。这些管理措施需要贯穿项目的全过程，不断跟进和优化，以实现项目的顺利交付和使用价值最大化。