函馆短期大学的历史可以追溯到1953年，当年，齐藤与一郎担任校长，学校开设了其最初的商科部门。同年，函馆商科短期大学正式成立，专注于商科教育的初期发展。

1955年，专科学校也随之设立，为学校增添了新的学科方向。随着教育的深化，1962年，函馆短期大学增设了第二商科部门，进一步丰富了课程体系。同一时期，学校名称也进行了变更，以体现其在商科领域的深化和专业化。

1963年，营养学科的成立，标志着学校在健康和饮食教育方面迈出了新的步伐。然而，到了1965年，商科的第一部和第二部招生活动暂时停止，可能是因为学校的战略调整或教育内容的更新。

1966年，商科的第一部和第二部停办，营养学科则进行了重组，改名为食物营养科，适应了新的教育需求和学科发展趋势。这反映了学校在应对变革时的灵活性和适应性。

进入21世纪，2009年，函馆短期大学又增添了保育学科，为培养早期教育专业人才提供了新的平台，显示了学校持续扩大学科领域和满足社会需求的决心。