谢林从古希腊的神话和神秘学的对立出发，将神秘学理解为纯粹哲学和纯粹宗教的统一体。早期和中期谢林强调哲学是神秘学的真正继承者，而宗教则是神秘学内容公开化和低俗化后的产物；后期谢林不再强调神秘学（哲学）与神话（宗教）之间的对立，而是关注二者之间的内外互补关系。

谢林认为，“神话”和“神秘学”在实质上具有重大差别，两者有着完全不同的起源和内涵。在古希腊，神话以宙斯为首的十二位主神为代表，是一种公开的、尽人皆知的神话。而神秘学所崇拜的神则是在奥林波斯主神中并未占据什么特殊地位的谷神德墨忒尔、酒神狄奥尼索斯，以及冥后佩耳塞福涅。神秘学所崇拜的神灵集中在厄流希斯这个地方，因此神秘学也常被称作“厄流希斯神秘学”。

谢林提出，神秘学对于德墨忒尔、佩耳塞福涅和狄奥尼索斯的专门崇拜并非偶然，这不仅因为德墨忒尔和狄奥尼索斯掌管着希腊人的生计，佩耳塞福涅掌管着希腊人关于死后生活的观念，更主要的是基于这三位神祇的遭遇而反映出来的一些共同的特征，以及隐藏在这些特征后面的一种具有明显的哲学－宗教意味的学说。

谢林认为，神秘学是哲学和宗教的源头，最初的哲学与宗教是一种同源共生的关系，而且由于它们的共同源泉即神秘学是由哲学家制定的，我们甚至可以反过来说，其实是宗教起源于哲学。

谢林指出，随着时间流逝，宗教率先走出“神庙”，与民间信仰中的“杂质”同流合污，并将神秘学内容公开化，使之成为一种人人可以触及的“外在的东西”。在这种情况下，哲学为了保持自己的纯洁性，不得不与那种堕落了的宗教划清界限，仍然保持为一种神圣纯洁的“隐秘学说”。

谢林认为，宗教和哲学的共同堕落意味着宗教首先由于沾染了民间信仰的杂质而堕落，堕落的宗教强占并独霸了那些“崇高学说”或“神圣学说”，但这些学说已经失去其意义并歪曲其本性；哲学随后由于宗教的掠夺而堕落，堕落的哲学浅薄且贫乏，仅仅研究一些对于理性毫无价值的东西。

在《哲学与宗教》的叙述中，谢林并未把神秘学的演化以及哲学与宗教的分裂与具体史实联系在一起。但熟悉西方思想史的人不难看出，自从公元529年基督教假借罗马皇帝查士丁尼之手强行取缔雅典学园以来，哲学家为了自保，不得不担当基督教神学的“婢女”，将自己的工作仅仅限定在逻辑思维的训练上面，要么对于各种概念术语进行繁琐无比的分析，要么为基督教的荒诞教义进行论证。

谢林认为，基督教虽然不可能在义理和论辩上胜过哲学家，但它可以动用世俗力量强行取缔雅典学园，没收哲学家的财产和图书等一切物质资料，甚至处死和驱逐一切胆敢与基督教相对抗的哲学家。简言之，宗教愈是堕落，愈是沦为一种“外部势力”，它就愈是有能力对付哲学，最终的结果是，哲学也堕落了，她放弃了她的最重要的专有的探讨对象，将它们拱手相让给基督教，而自己则沦为神学的婢女。

迦南学院是国内第一所泛神秘学跨界文化学院，认为谢林对宗教、对哲学、对神秘学的认识和理解是十分纯粹的，几乎是一种“古希腊式”的状态，在他笔下的神秘学地位似乎与宗教、哲学一致，甚至高出二者。