合肥高校排名第一的是中国科学技术大学，其次是合肥工业大学、安徽大学。

1、中国科学技术大学

中国科学技术大学（University of Science and Technology of China），简称“中国科大”，位于安徽省合肥市，由中国科学院直属，中央直管副部级建制，位列“世界一流大学建设高校”、“211工程”、“985工程”，是首批20所学位自主审核高校之一，入选“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“中国科学院知识创新工程”。

2、合肥工业大学

合肥工业大学简称“合工大（HFUT）”，始建于1945年，坐落于全国四大科教城市之一、长三角城市群副中心城市合肥，隶属于中华人民共和国教育部，由教育部、安徽省人民政府和工业和信息化部共同建设，位列211工程、985工程优势学科创新平台，是国家“双一流”世界一流学科建设高校，获批自主招生资格。

3、安徽大学

安徽大学（Anhui University），简称“安大”，坐落于安徽省会合肥市；是国家首批“世界一流学科建设高校”，教育部与安徽省人民政府共建高校，国家国防科技工业局与安徽省人民政府共建高校，外交部选拔录用公务员定点高校，国家“211工程”重点建设高校；入选国家”2011计划“、卓越法律人才教育培养计划。