国家工程研究中心和国家工程技术研究中心，虽然都是国家支持的科研机构，但在评选部门和职能上存在差异。国家工程研究中心由国家发改委负责，主要针对行业重大技术问题进行研发，致力于成果转化和人才培养，同时也对外开放服务。而国家工程技术研究中心则由科技部负责，重点在于关键共性技术研发、成果转化和市场导向的国际合作。

国家工程研究中心的职能包括：解决重大技术难题，研发具有市场前景的产品，培养工程技术人员，接受委托任务并提供技术咨询。它们通过工程化研究，推动行业科技进步和新兴产业的发展，并在引进技术上发挥消化吸收创新的作用。

相比之下，国家工程技术研究中心的职能更侧重于产业技术进步，研究关键共性技术，进行工程化和系统集成，通过市场机制实现技术转移，提升自主创新能力，并提供工程验证和咨询服务。它们在培养高层次工程技术人才和促进科技成果产业化方面也起着重要作用。

申报条件方面，国家工程研究中心强调拥有自主知识产权、高水平的科技成果和工程化研究能力，以及市场转化和自我发展的能力。而国家工程技术研究中心则要求单位对产业技术有深入研究，具备市场导向和技术创新能力。

总的来说，两者都是国家科技创新体系的重要组成部分，但在侧重点和任务上有所不同。