江都区水务局机构设置主要包括人秘科、农村水利科、工程管理科、水政水资源科、财务审计科、城市水务科、局内设事业机构等。

人秘科主要负责机关日常工作协调、干部人事管理、教育培训、老干部工作、文秘档案、水务信息、建议提案、保密保卫等行政管理工作，以及机关内部规章制度建设。

农村水利科负责农村水利工作和农村水利服务体系建设，包括农田水利规划、节水灌溉、乡镇供水、水土保持、水利科学技术指导等。

工程管理科负责水利设施、水域及其岸线、滩涂的管理和保护，以及全市重点水利工程建设、维修和改造计划实施。

水政水资源科负责水资源管理、监督，实施取水许可制度和水资源费征收，制定水资源保护规划和节约用水规划，监测水量、水质，组织水功能区划分等。

财务审计科负责全市水利系统的财务会计工作行业管理、资金计划、使用、管理和监督，国有资产管理和监督，内部审计工作等。

城市水务科负责城市防洪、节约用水、水环境整治、供水、排水规划与行业管理等城市涉水事务，组织协调农村供水、污水处理等。

局内设事业机构包括市防汛防旱指挥部办公室、市水政监察大队、供（排）水管理处等，分别负责防汛防旱、水事纠纷调处、水资源管理、供排水项目执行、水利工程水费管理等工作。

直属单位包括沿运自流灌溉管理处、运河管理处、河道管理处、长江管理处、泰州引江河管理处、江工程处、各镇水务站等，负责水利工程管理、水资源调配、供排水项目执行等。