客户退货从货款里抵扣的开票流程大致如下：

首先，当客户提出退货申请且得到商家同意后，商家应为客户开具相应的退货凭证。

接着，商家根据退货凭证和客户的付款方式，计算出客户需要退回的货款金额。

如果客户已经全额付款，商家需在退货凭证上标注已付款金额，并将此金额从客户的应付款中扣除。

若客户采用部分付款方式，则商家需在退货凭证上标注已付款金额，并根据客户剩余的应付款金额重新开具发票。

商家还需将开具的红字发票与退货凭证一同保存，以便日后查验。

值得注意的是，退货从货款里抵扣的开票流程可能因不同地区、不同行业及商家具体情况而有所差异，因此具体操作流程需遵循相关法律法规及实际情况。

商家在处理退货退款时，应确保所有流程合规，以维护自身权益并保证客户满意度。

此外，商家还应定期检查退货凭证及红字发票的保存情况，确保所有记录准确无误。

通过遵循上述流程，商家不仅能有效处理客户的退货退款请求，还能避免因操作不当引发的法律纠纷。