日本的永久居住证办理条件包括在日居住满十年，且期间必须保持合法身份，同时未违反日本法律。根据《出入境管理及难民认定法》，在日的外国人若要申请永久居留权，需满足以下条件：

1. 在日居住十年：申请人必须在日本累计居住满十年，并且在此期间一直持有有效的居留资格。

2. 合法身份：申请人需持有有效的签证、留学生资格、技术实习生资格、家庭滞在资格等合法居留资格。此外，还需证明有稳定的经济来源，能够自给自足。

3. 未违反日本法律：在申请永久居留权时，申请人必须证明在日本境内没有违法犯罪行为，也没有违反相关法规。

提交申请后，申请人需参加面试，并接受政府审查，通过后才能获得永久居留权。若在申请过程中发现虚假陈述，或在持有永久居留权后违反日本法律，可能会导致永久居留权被取消。

关于居住期间的离境问题，通常日本永久居留权的居住期限是指在日本的累计居住时间，离境可以是断断续续的。但是，单次离境时间过长可能会影响永久居留的审批。

总结来说，申请日本永久居住证的条件主要包括在日居住十年，保持合法身份，且期间未违反日本法律。同时，申请人还需通过政府审查，方可获得永久居留权。【法律依据】：《出入境管理及难民认定法》第四十四条。