对会计信息系统内部控制的作用，必须要有一个客观和正确的认识。要充分认识到内部控制的实施所存在的局限性，这种局限性主要表现在以下几个方面：一是在设计内部控制措施时，如果要建立或实施某项控制措施的成本过大，而取得的效益相对较小，那么这样的控制措施就应该放弃；二是内部控制措施的设计，一般只是针对经常发生的事项而设置，而通常要忽略掉那些偶然发生的事项；三是即使很有效的控制措施，也可能会因为执行人错误的理解、粗心大意、疲劳或其他人为因素而导致失效；四是即使很有效的控制措施，如果不相容职务的用户相互勾结，串通舞弊，或用户判断错误，也会导致失效；五是如果系统管理者越权或滥用职权，那么同样会使系统的内部控制措施形同虚设；六是系统内部控制措施的实施与控制执行的环境和条件息息相关，如果系统运行的环境或条件发生了变化，那么设计再精巧的控制措施也会失效。