总机构和分支机构之间的税款分摊计算方法，依据国家税务总局发布的《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》。汇总纳税企业计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，其50%由各分支机构间分摊，50%由总机构分摊。各分支机构根据总机构分摊的税款，就地办理缴库或退库。

总机构计算分摊税款的公式为：总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%。而分支机构计算分摊税款的公式为：所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%，某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例。

计算各分支机构分摊比例的依据是上年度的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素。权重依次为0.35、0.35、0.30。计算公式为：某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30。

各分支机构营业收入是指日常经营活动实现的全部收入，具体包括生产经营、金融、保险等业务的收入。职工薪酬是指为获得职工提供的服务而给予的报酬以及其他相关支出。资产总额是指实际使用的应归属于该分支机构的资产合计额。上述数据应依照国家统一会计制度的规定核算。

一个纳税年度内，首次计算分摊税款时采用的分支机构数据与审计确认的数据不一致的，不作调整。

以阳光集团公司为例，跨省设有三个分支机构A、B、C，分别位于上海、杭州、南京。总机构和各分支机构的上年度数据为：总机构收入总额、工资总额、资产总额分别为100万、10万、1000万；A、B、C三个分公司的数据分别为：A分公司营业收入50万、职工薪酬10万元、资产总额200万元；B分公司营业收入30万元、职工薪酬10万元、资产总额100万元；C分公司营业收入5万元、职工薪酬1万元、资产总额50万元。假设企业所得税年度纳税申报时，阳光集团汇总后计算的应纳所得税额为20万元，由总机构缴纳10万元，三个分支机构共计缴纳10万元。各分公司的分摊比例和应缴税款计算如下：A分公司分摊比例为：0.5439776，应缴税款为5.439776万元；B分公司分摊比例为：0.3759104，应缴税款为3.759104万元；C分公司分摊比例为：0.080112，应缴税款为0.801120万元。