漳州市教育局内设9个职能科（室），具体职责如下：

办公室：综合协调局机关政务、事务，负责新闻宣传、文秘、档案、提案、督办、保密、信访及机关后勤等工作；负责局长办公会议等重要会议的组织安排和督办。

初等教育科（挂“幼教科”牌子）：负责全市初等教育、幼儿教育、特殊教育的办学指导和业务管理，参与制定初等教育、幼儿教育、特殊教育事业发展规划和年度招生计划，指导教育教学改革，推动九年义务教育。

中等教育科：负责全市普通中学的办学指导和业务管理，参与制定中等教育事业发展规划和年度招生计划，指导普通中学教育教学改革，推动九年义务教育和普及高中教育。

职业教育与成人教育科：负责全市中等职业教育、成人学历教育以及文化技术教育的办学指导和业务管理；参与制定中等职业教育和成人教育事业发展规划和年度招生计划，拟定和实施扫除文盲规划，组织农村文化技术教育，配合有关部门做好职工岗位培训工作。

高等教育科：负责全市所属高等教育办学指导和业务管理，参与制定高等教育事业发展规划和年度招生计划，负责制订和组织实施高等学校布局、层次、学科专业设置和调整方案，指导高等学校教育教学改革工作。

德育科（挂“体卫艺术教育科”牌子）：负责指导全市学校思想政治工作和学校德育工作，指导学校体育、卫生与健康教育、艺术教育和国防教育的工作，负责组织全市性学生体育竞赛和艺术演出、比赛等活动，负责抓好学校思想理论、宣传教育工作和安定稳定工作。

发展规划科：负责制定全市教育事业发展的中长期规划和年度计划，负责全市教育基本信息统计和分析，负责各类教育布局、结构的调整工作。

财务科（挂“财务审计科”牌子）：参与制定教育经费管理的政策和规定，统计并监测全市教育经费投入情况和执行情况，编制市级教育事业经费的预算和决算，负责全市教育财务审计、基建审计和直属单位的国有资产管理，指导各县（市、区）教育内审业务。

人事科（挂“职改办”牌子）：负责局机关和直属单位干部人事、机构编制工作，负责教师的录（聘）用、调配及教师队伍管理，制定师资队伍建设规划，负责全市师资培训，制定主管系列（专业）职称评定工作意见并组织实施，负责局所属干部的任免考核和教师资格认定工作，制定教育系统工资福利待遇的实施意见，负责局机关离退休干部服务工作。

机关党委负责局机关及直属单位的党群工作。根据有关规定派驻的纪检组与监察室合署办公，按照《党章》和《行政监察法》履行职责。