中科院分区和jcr分区的区别就是中科院分区和jcr分区采用的都是同一学科期刊，按照IF降序排列，划分为不同的分区。但中科院是按刊物前3年IF平均值进行分区，jcr是按当期的IF进行分区。

中科院分区和jcr分区，虽然都是四个分区，但两个分区的写法是不同的。中科院分区分别是1区、2区、3区、4区，jcr分区分别是Q1、Q2、Q3、Q4。中科院的分区是金字塔结构，1区是前5%的期刊，2区是6—20%（含20%）的期刊，3区是21—50%（含50%），4区是后50%的期刊。

实际上计算方法更加复杂，jcr是按照平均主义思想，根据刊物IF的高至低平均划分4个区，每个区含有该领域总量25%的期刊。中科院分区有基础班和升级版两种，2022年12月份公布了中科院分区之后，就不再有基础版。

中科院JCR期刊分区

中科院JCR期刊分区（又称分区表、分区数据）是中国科学院文献情报中心世界科学前沿分析中心的科学研究成果，分区表设计的思路始于2000年之初，旨在纠正当时国内科研界对不同学科期刊影响因子数值差异的忽视。2004年开始以Excel格式文档发布中科院期刊分区表，它只包括13个学科的大类。

2007年开始发布包括大类以及小类期刊分区表，小类借鉴JCR学科，与其保持一致。2008年改进大类学科Top期刊的遴选方式，2012年开始在JCR期刊分区数据在线平台发布数据，不再发布Excel格式的数据文档，该平台能满足用户查询、浏览分区等多种用途。

以上内容参考：百度百科—中科院JCR期刊分区