1、港澳通行证跟护照同属于国家出入境证件，而最大的区别则是目的地不同。

2、港澳通行证的目的地主要是香港以及澳门这两个特别行政区；而护照的目的地则是第三国家。

3、港澳通行证则是国内的居民因私往来香港或澳门特别行政区旅游、探亲、从事商务、培训、就业等非公务活动时所用。在办理港澳通行证的时候一般会签注，可以自己选择一年几次。

4、港澳通行证(自由行)享有的主要优势：

可以单独出发，用个人身份，在有效签注时间内根据签注条件自由往返签注指定地区，所以叫自由行；

5、没开通自由行地区的赴港澳的通行证：

A、L签注--就是跟户口所在地组织的旅行团，集中办理证件、证件除了出入海关，也是集中管理，集中出入，不可以单独出入海关。旅行社一般都有为每个人做了担保的，如出了问题，他们要被公安请去喝茶的。当然也有自己单独到了某海关，自己找团一起出境的，那要化跟团的银子的，也是一个办法。

B、商务签注--具备申请港澳商务签注资格的公司(详细条件公安局有规定)出面申请(其实也是担保)，可为该公司员工办理商务签注，这个可以户口在哪里没有关系，只要公司愿意为你申请就可以。