南大研究生分布在鼓楼、浦口和仙林三个校区。其中鼓楼校区包括商学院、法学院、教育研究院、工程管理学院、体育科学研究所、中美文化研究中心、艺术学院、海外教育学院、数学系、物理学院、软件学院、医学院、建筑与城市规划学院。浦口校区包括模式动物研究所。仙林校区包括哲学系、马克思主义学院、政府管理学院、社会学院、文学院、外国语学院、历史学院、新闻传播学院、国际关系研究院、信息管理学院、电子科学与工程学院、化学化工学院、环境学院、天文与空间科学学院、地理与海洋科学学院、大气科学学院。