南京艺术学院设有14个二级学院，包括美术学院、音乐学院、设计学院、影视学院、传媒学院、舞蹈学院、流行音乐学院、人文学院、工业设计学院（筹）、文化产业学院（筹）、尚美学院、高等职业教育学院、成人教育学院、国际教育学院。此外，还设有艺术学研究所、信息化建设管理中心、附属中专校。

根据教育部的专业目录，学院提供25个本科专业，覆盖广泛的艺术领域。本科专业包括美术学、绘画、雕塑、艺术设计学、艺术设计、工业设计、服装设计与工程、动画、摄影、音乐学、音乐表演、作曲和作曲技术理论、舞蹈编导、舞蹈学、表演、戏剧影视文学、导演、数字媒体艺术、艺术教育、公共事业管理、录音艺术、播音与主持艺术、广播电视编导、戏剧影视美术设计和广告学。学院还提供50个专业方向，以及8个专升本专业。各类专修科（含成教）专业共有24个。