上海海洋大学在专科批次设有多个专业，例如水族科学与技术、水生动物医学、水产繁殖学、食品科学与工程、农林经济管理、生物科学、学前教育、商务日语、海洋渔业科学与技术、电子信息工程、车床加工以及汉语言文学等。学校下设多个学院，包括水产与生命学院、海洋科学学院、食品学院、经济管理学院、工程学院、信息海洋学院、海洋生态与环境学院、海洋文化与法律学院以及爱恩学院等。

水产与生命学院专注于水产养殖和生命科学研究，培养具备水生动物健康养殖、疾病防治和繁殖技术的专业人才。海洋科学学院则关注海洋环境、资源和生态系统，致力于海洋生物资源的可持续利用。食品学院着重于食品科学与工程领域，研究食品安全、食品加工和质量控制。经济管理学院则培养具备经济管理和现代企业管理能力的复合型人才。工程学院则为学生提供工程技术和工程管理的专业知识。

信息海洋学院关注信息技术在海洋领域的应用，培养具备现代信息技术和海洋知识的复合型人才。海洋生态与环境学院致力于海洋生态系统的保护与恢复，以及海洋环境监测和管理。海洋文化与法律学院则关注海洋文化研究和海洋法律事务，培养具备海洋文化研究和法律知识的专业人才。爱恩学院则提供国际化的教育环境，注重学生的国际视野和跨文化沟通能力。