在选择用于Java编程的工具时，有两个主要的推荐：JBuilder 2006和Eclipse。这两款软件均以其卓越的性能和用户友好性而受到高度评价，是开发Java应用程序的理想选择。

JBuilder 2006是一款由 Borland 开发的集成开发环境（IDE），专为Java、C/C++和其他语言提供强大的开发工具集。它的界面直观，功能丰富，支持代码编辑、调试、构建和部署等全面的开发流程。JBuilder 2006还提供了一套强大的调试工具，使得开发者能够轻松地查找和修复代码中的错误。

Eclipse则是一款开源的IDE，以其高度可定制性和丰富的插件生态而著称。Eclipse为Java开发提供了强大的支持，包括代码编辑、构建、调试和版本控制等功能。它的插件系统使得用户可以根据自己的需求安装各种扩展，从而极大地扩展了Eclipse的功能。

相比之下，VB6.0和VB.NET虽然都是用于开发Windows应用程序的IDE，但它们与Java和Eclipse或JBuilder并不兼容。VB6.0是一款较旧的工具，现在已被更现代的VB.NET所取代，而后者主要用于.NET框架下的开发。对于Java开发，这两款VB工具并不推荐使用。

总之，对于Java开发，选择JBuilder 2006或Eclipse将能够提供最佳的开发体验。它们不仅功能强大，而且能够帮助开发者提高效率，减少开发时间和错误。因此，在选择用于Java编程的工具时，这两款IDE应作为首选。