上海奉贤区体育局根据职能，设有三个主要的职能科室，分别为办公室、竞技体育科和社会体育管理科。办公室负责组织协调、文秘事务、文书档案、信息工作、机要保密、人事管理、劳动工资、教育培训、年终考核、国有资产、财务工作、后勤保障、政务公开、清洁卫生、安全保卫、管理信息化、以及各类大型活动的组织协调和行政事务管理等工作。

竞技体育科制定业余训练规划，科学设置训练项目，加强对运动员、教练员和经费使用的管理。同时，开展体育科研及科学选材，提高科技训练水平，输送优秀体育后备人才。竞技体育科还负责制定全区体育竞赛计划并组织实施，举办或组织参加各级各类体育竞赛活动。此外，竞技体育科还与教育部门合作，抓好少体校的体育训练和项目布局学校的业余训练工作。

社会体育管理科负责群众体育和体育执法工作。制定全区群众体育的发展规划和实施计划，推进社区健身设施的建设，组织指导国民体质测定及社会体育指导员和体育项目技术培训。社会体育管理科还负责本区中小学生体锻达标工作，依法执行体育场所的办证和管理，协调群团组织的体育活动，并加强对社会体育团体的管理和业务指导工作。社会体育管理科还加强对健身气功的规范和管理。