市民宗局设有四个职能科室，以实现对民族宗教事务的高效管理与服务。

一、办公室，主要协助局领导处理日常行政事务，进行政务协调与目标管理，负责文书、信息、档案、信访、保密、保卫、接待、财务、行政管理等事务，并管理人事、职工教育、离退休人员服务与党群工作。

二、爱国宗教团体管理处，负责协助各宗教团体负责人开展政策、法规宣传，监督宗教活动场所加强自身建设和管理，创建“文明宗教活动场所”，协调团体与相关部门关系，反映团体情况、意见与建议，组织培训教育，推动爱国主义与社会主义学习，推荐宗教界人士与信教群众深造学习，协助宗教团体进行友好交往与文化活动，以及宗教外事活动。同时，收集与保管各团体的资料、信息与档案。

三、民族科，贯彻执行党的民族政策，宣传与实施民族法律、法规，协调民族关系，监督少数民族权益保障，处理民族矛盾与纠纷，研究民族理论与政策，参与少数民族与民族地区专项资金管理，参与扶贫开发，协助教育、文化、科技、卫生、体育等工作，以及少数民族干部培养、教育与使用。

四、宗教科，贯彻执行党的宗教政策，依法管理宗教事务，保护公民宗教信仰自由，保护宗教团体与场所权益，保护正常宗教活动，研究全市宗教情况，协助处理宗教突发事件，负责宗教活动场所登记与宗教教职人员年检，协助宗教团体自身建设与宗教教职人员培养，检查宗教法律、法规与政策落实，办理我市宗教涉外事宜。