乌尔姆大学的历史起源于20世纪50年代德国巴登-符腾堡州计划新建一批大学的背景之下。1961年3月，“乌尔姆大学工作圈”提出了一项新设想，旨在创建一所新大学。该设想得到了州政府的支持，尤其是在1962年提出的在乌尔姆建立医学院的提案。到了1965年7月，工作圈提交了一份关于创建“乌尔姆医学和自然科学大学”的详细报告，并于1966年1月获得批准。尽管最初有过建立一所以多种学科为特色的综合性大学的想法，但最终决定以医学和自然科学为乌尔姆大学的特色学科。

1967年2月25日，“乌尔姆医学和自然科学大学”正式成立。同年7月4日，该校被正式命名为“综合性大学”，即Universität Ulm (Medizinisch-Naturwissenschaftliche Hochschule)。此后，乌尔姆大学逐步开设了多个专业，包括理论医学、物理学、数学、化学、临床医学、生物学、经济数学、牙医学、经济物理学、经济学、经济化学、电子学、计算机科学和工程学等。

如今，乌尔姆大学已成为一个拥有自然科学、工程学和计算机科学、数学和经济学，以及传统医学等多个学科领域的教育机构。