舟山海洋学院的专业设置广泛，涵盖了生物技术、海洋科学、环境科学、渔业、船舶与建筑工程、机电工程、食品与药学、石油化工、经济管理、人文社科和高职教育等众多领域。

在生物技术方面，学校开设了生物科学、环境科学和渔业科学与技术等专业，旨在培养具备生物技术应用能力的高素质人才。

海洋科学领域则包括海洋科学、轮机工程、船舶与海洋工程等专业，旨在培养能够从事海洋科学研究与应用的复合型人才。

在渔业方面，学校设有水产养殖学和海洋渔业科学与技术等专业，为学生提供了广阔的就业前景。

船舶与建筑工程学院的专业包括建筑环境与设备工程、船舶与海洋工程和土木工程，为学生提供了全面的技能培训。

机电工程学院的专业有电气工程及其自动化、电子信息工程和机械设计制造及其自动化等，旨在培养具备机械和电子技术综合能力的人才。

食品与药学学院则涵盖了食品质量与安全、护理学和药学等专业，为学生提供了丰富的学习机会。

石油化工学院的专业包括化学工程与工艺和油气储运工程等，旨在培养具备石化行业专业知识的人才。

经济管理学院的专业有财务管理、物流管理和经济学（海洋经济方向）等，旨在培养具备现代企业管理能力的人才。

人文学院则开设了历史学（人文教育方向）、汉语言文学和英语（师范）等专业，为学生提供了深厚的人文底蕴。

高职教育则包括机电一体化技术、旅游管理、商务英语、生物技术及应用、水产养殖技术、应用电子技术、计算机应用与维护等专业，为学生提供了广泛的就业选择。

此外，普陀科学技术学院也设有生物技术及应用、旅游管理、动漫设计与制作和船舶工程技术等专业，为学生提供了多样化的学习路径。