全国台湾研究会的最高决策机构是会员代表大会，其职责主要包括制定和修改章程，选举和罢免理事，审议工作和财务报告，决定组织终止等重大事宜。召开会员代表大会需有2/3以上代表出席，决议需半数以上通过方具效力，每届任期为4年，特殊情况可提前或延期，需经理事会、业务主管单位和社团登记管理机关批准。

理事会作为执行机构，负责日常运营，执行会员代表大会的决议，选举和罢免会长、副会长、秘书长，筹备会议，报告工作和财务状况，决定会员资格等。召开理事会需2/3以上理事出席，决议同样需2/3以上同意。理事会每年至少召开一次会议，特殊情况下可通讯召开。

常务理事会由理事会选举产生，在闭会期间行使部分理事会职权，其会议要求和决议生效条件与理事会相同。会长、副会长和秘书长需满足政治素质、业务影响力、年龄限制、身心健康等条件，任职和任期有严格的限制和审批流程，秘书长为本会法定代表人，分别行使召集会议、检查决议落实、签署文件等职权，以及主持日常事务和协调工作机构等职责。