上海交通大学拥有多项国家级特色专业，其中微电子学、信息安全、信息工程、软件工程、临床医学、口腔医学、生物技术、机械工程及自动化、信息工程、船舶与海洋工程、工业工程、医学检验、计算机科学与技术、生物医学工程、电气工程与自动化、土木工程、热能与动力工程、自动化工程、力学、生物工程、护理学、法学、电子科学与技术、环境科学与工程、化学工程与工艺、食品科学与工程、植物生物技术、核工程与核技术、材料科学与工程等专业在国内外享有盛誉。

这些特色专业不仅涵盖了工程技术领域，还包括医学、法学、环境科学等多个学科门类，体现了学校在多学科交叉融合上的努力。微电子学和信息安全专业致力于培养具备国际竞争力的高端人才，信息安全专业尤为注重网络安全与防护技术的研究。

信息工程专业则侧重于信息通信技术和网络技术的应用与发展，软件工程专业则致力于软件开发和维护技术的提升。临床医学和口腔医学专业则专注于医疗领域，培养医学人才。生物技术专业则侧重于生物科学领域的研究与应用，特别是在生物医药和生物工程方面。

机械工程及自动化专业则专注于机械设计与制造自动化技术，船舶与海洋工程专业则侧重于船舶设计与制造，以及海洋工程方面的研究。工业工程专业则致力于提高生产效率和管理效率。医学检验专业则注重医学检验技术的研究与应用。计算机科学与技术专业则培养具备计算机科学理论基础和实践能力的人才。

生物医学工程专业则注重生物医学技术的研究与应用，电气工程与自动化专业则专注于电气工程与自动化技术的研究与应用。土木工程专业则专注于土木工程的设计与施工，热能与动力工程专业则侧重于热能与动力工程的研究与应用。自动化工程专业则专注于自动化技术的研究与应用，力学专业则专注于力学领域的研究。

生物工程专业则注重生物工程技术的研究与应用，护理学专业则注重护理领域的人才培养，法学专业则注重法律领域的研究与应用。电子科学与技术专业则专注于电子科学与技术的研究与应用，环境科学与工程专业则专注于环境科学与工程的研究与应用。化学工程与工艺专业则专注于化学工程与工艺的研究与应用，食品科学与工程专业则专注于食品科学与工程的研究与应用。

植物生物技术专业则注重植物生物技术的研究与应用，核工程与核技术专业则专注于核工程与核技术的研究与应用。材料科学与工程专业则专注于材料科学与工程的研究与应用。