工程施工企业的会计科目设置主要包括以下几个部分：

建账科目：流动资产（货币资金、短期投资、应收票据等）、预付账款、存货、待摊费用、长期投资、固定资产（原价、累计折旧等）、无华数角理说形资产、递延资产、负债（短期借款、应付账款、长期负债等）、所有者权益（实收资本、资本公积等）和成本类科目（工程施工及其细分的人工费、材料费、机械费等）。

涉及的税种：主要为营业税、教育费附加、城市维护建设税、企业所得税，以及地方性的印花税和水利基金，税率按优惠政策执行。

会计核算特点：施工企业与工业企业的财务科目相似，主要区别在于成本核算使用“工程施工”和“间接费”科目。施工成本包括直接费（如人工费、材料费、机械费）和间接费（管理费用等）。工程成本加上上交的企业管理费、利润和税金，构成工程总成本，与工程结算收入相对应。

业务处理：施工队提供人工时，成本确认与支付流程涉及借记“工程施工”科目，贷记银行存款。主营业务收入确认时，借记银行存款，贷记“主营业务收入”。成本结转时，借记“主营业务成本”，贷记相应的工程施工子目。每月末，还需进行损益结转，调整“本年利润”科目。

余额管理：工程施工科目余额反映未完成的工程成本，如果全部完成则余额为零。贷方余额不常见，通常表示未确认的收入或成本差异。

总的来说，工程施工企业的会计科目设置旨在全面记录和管理企业的财务活动，确保成本、收入和税务的准确核算。