根据上述职责，县卫生局设4个职能科室：

（一）办公室（行政审批科）

负责日常办公事务、人事、职改、工资、来信来访、综合治理、议提案办理和机关工会等工作；负责机关廉政建设和机关效能建设；依法对机关、国家公务员及相关人员实施监察。承担所属卫生医疗机构财务管理工作，负责对各项经济业务进行复核并实行会计电算化，履行会计职责、进行会计核算和监督，负责局机关会计档案的保管、归类整理、分析、查阅等工作，负责编制局财务工作计划。

依法履行卫生行政审批职能，负责受理卫生类行政审批，负责对行政许可工作的组织协调、调度、督办、审查、审批。

（二）医政医教科（中医药管理科）

依法监督管理医疗质量和服务质量、采供血及临床用血质量、特殊药品的临床使用；组织对重大人员伤亡事件的紧急救护；负责卫生应急工作；组织协调重大疾病的调查、研究；负责医疗卫生机构的办证、校验和医疗市场的行政执法监督；开展医疗安全教育；依法受理医疗事故的鉴定申请和处理；负责医师、护士登记注册、卫生教育、培训工作。

制订并实施相关管理制度和考核标准，对镇卫生院中医科和村卫生室进行业务指导；负责县红十字会的日常工作。

（三）疾病预防控制与保健科

承担全县妇保、儿保、计划免疫、疾病预防控制及血防工作的组织、协调及监督管理工作；参与突发公共卫生事件的调查与处理工作。

（四）食品安全综合协调与卫生监督管理科

负责食品安全综合协调，承担组织查处食品安全重大事故工作，负责食品安全信息公布工作；按照职责分工，负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理；负责公共场所、饮用水等的卫生监督管理；负责各级各类医疗卫生机构传染病防治工作的监督；打击非法行医和非法采供血机构等危害人民健康的违法活动，整顿和规范医疗服务市场；负责卫生监督队伍的资格审查和行政执法监督稽查工作；负责卫生行政处罚听证、卫生行政复议和行政诉讼应诉工作。