查补的增值税，一般通过应交税费—应交增值税—税务检查调整科目进行核算，而对于对应的滞纳金，则计入到营业外支出科目进行核算。经税务检查，额外需补缴的，其分录为，
借:以前年度损益调整，
贷:应交税费—应交增值税—税收检查调整。
实际缴纳增值税时，
借:应交税费—应交增值税—税收检查调整，
营业外支出—税收滞纳金，
贷:银行存款。